Trzeci film, Faceci w czerni, to kontynuacja słynnej amerykańskiej komedii. W rolach głównych tych samych Tommy Lee Jones i Will Smith. Reżyserem ponownie został Barry Sonnenfeld, producent wykonawczy Stevena Spielberga. Film trafił do kin 23 maja 2012 roku.
Rolę negatywnego bohatera tym razem wciela się Jemaine Clement, gra Borysa. To przestępca, który uciekł z Więzienia Księżycowego. Pali się nienawiścią do agentki Kay, która w lipcu 1969 złapała sprawcę i zostawił go bez ręki. Kiedy Kay nagle dowiaduje się, że Boris uciekł, wyraża wielki żal, że wtedy podczas aresztowania go nie zabił. Potem agent po prostu znika, a tylko jego partner Jay pamięta, że istniał. Reszta personelu w czerni uważa, że Kay zginęła w konfrontacji z jakimś przestępcą w 1969 roku.
Jedynym wytłumaczeniem takiego odwrócenia rzeczywistości jest zmiana w przeszłości. Jay i agentka O decydują, że Boris jest w to zamieszany. Potwierdza to kolejne wydarzenie na kosmiczną skalę – inwazja na Ziemię rasy Borysów. W dawnej rzeczywistości było to niemożliwe, ponieważ Kay zainstalowała na planecie urządzenie ochronne o nazwie „ArkNet”. Teraz, w związku ze śmiercią agenta, kilkadziesiąt lat temu, Ziemia nie miała żadnej bariery przed kosmicznymi wrogami.
Jay odkrywa, że Boris został zesłany do przeszłości przez Jeffreya Price'a, handlarza elektroniką, który miał w swoim arsenale nielegalną zmianę czasu. Agent nie ma innego wyjścia, jak cofnąć się w czasie, aby uratować swojego partnera. I zostaje natychmiast aresztowany przez młodego Kay. Podczas przesłuchania Jay mówi mu wszystko, a przyszły partner wierzy. Razem odnajdują Gryfa Arkanian, który ma ArkNet. Teraz cała trójka kontynuuje podróż i wyrusza, aby zainstalować ochronę na Księżycu. Ale na rakiecie zostają aresztowani przez pułkownika. Teraz zostaje strażnikiem tajemnicy Jaya.
Od tego momentu wydarzenia szybko się rozwijają. Bohaterowie spotykają się z dwoma Borysami i dochodzi do walki. Przestępca z przyszłości zostaje wrzucony do szybu rakietowego, a za nim zostaje wysłany młody Borys. Ochrona Ziemi została ustanowiona. A teraz wydaje się, że misja Jaya jest zakończona, ale pojawia się młody przestępca, który cudem przeżył. Pułkownik umiera, ale Borys również zostaje zniszczony. A teraz w filmie pojawia się nowa postać. Chłopiec wysiada z samochodu pułkownika i zaczyna szukać ojca. Agent rozpoznaje siebie. Jay wraca do swojego czasu i spotyka Kay w kawiarni. Wszystko wróciło.
